Unit Pendidikan Adalah Salah Satu Daripada Kompenan Di Bawah Cawangan Pengimarahan Masjid Al-Aqsa. Unit Pendidikan Memberikan Perkhidmatan Bagi Memudahkan Urusan Pendidkan Dan Pengimarahan Di Masjid Al-Aqsa. Fungsi Utama Unit Pendidikan Ialah :
Pengajian Al-Quran Secara Bersanad Ini Adalah Kelas Khusus Yang Ditawarkan Kepada Mereka Yang Berminat Untuk Memperelokkan Bacaan Al-Quran Dan Disemak Dan Diperakui Bahawa Bacaannya Menepati Bacaan Yang Sejajar Dengan Guru Hingga Sampai Kepada Bacaan Rasulullah S.A.W.
Dalam Merealisasikan Peranan Masjid Al-Aqsa Sebagai Pusat Pengajian Dan Pembelajaran Bagi Mengimarahkan Masjid, Pihak Masjid Al-Aqsa Akan Terus Menganjurkan Kelas-Kelas Pengajian Kanak-Kanak Kepada Masyarakat Yang Berminat Mendalami Ilmu-Ilmu Islam. Senarai Kelas Pengajian Kanak-Kanak Yang Ditawarkan Di Masjid Al-Aqsa Antaranya Ialah :
Dalam Merealisasikan Peranan Masjid Al-Aqsa Sebagai Pusat Pengajian Dan Pembelajaran Bagi Mengimarahkan Masjid, Pihak Masjid Al-Aqsa Akan Terus Menganjurkan Kelas Pengajian Dewasa Kepada Masyarakat Yang Berminat Mendalami Ilmu-Ilmu Islam.
Pondok Masjid Merupakan Salah Satu Program Yang Dirancang Dan Dilaksanakan Pada Tahun 2021. Program Ini Adalah Hasil Cetusan Daripada Yb Menteri Di Jabatan Perdana Menteri (Agama) Yang Mana Ia Merupakan Satu Usaha Dakwah Menyantuni Masyarakat Sebagai Usaha Menghayati Islam Dan Perjuangan Rasulullah S.A.W. Selaras Dengan Misi Yang Membawa Mesej Kedamaian, Kesederhanaan Dan Kasih Sayang Sesama Islam Dan Sejagat.
Pondok Masjid Dipraktiskan Bagi Menghidupkan Dan Menyemarakkan Peranan Dan Fungsi Masjid Khusunya Di Wilayah Persekutuan. Pelan Ini Dibangunkan Bertujuan Masjid Meriah Dengan Jemaah Serta Hidup Dengan Majlis Ilmu.